Classification scientifique des especes

La classification scientifique des espèces est issue de celle de Linné.
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Elle suppose que le monde vivant est séparé en cinq règnes :

» les procaryotes (bactéries et archéobactéries) ;

» les protistes (eucaryotes unicellulaires) ;

» les champignons (eucaryotes multicellulaires) ;

» les végétaux (eucaryotes multicellulaires)

» les animaux (eucaryotes multicellulaires).

L'unité de base de la systématique des êtres vivants est l'espèce. Ce taxon est souvent le moins sujet à discussion, les autres nœuds de la classification, famille, classe, embranchement, etc., pouvant varier en fonction des progrès des connaissances phylogénétiques.

Le classement traditionnel des espèces est surtout basé sur la présence (ou l’absence) d’un caractère morphologique.

Le classement repose sur une hiérarchie fixe qui va du règne en passant par l’embranchement, la classe, l’ordre, la famille, jusqu’au genre et l’espèce.

La langue utilisée par les scientifiques pour nommer les espèces est le latin. Une espèce est désignée par un nom de genre, commençant par une majuscule, suivi d'un qualificatif d'espèce en minuscule, puis de l'initiale ou du nom du scientifique qui a décrit l'espèce en premier et enfin de la date de description.

La classification actuelle, si elle s’est depuis longtemps affranchie de la dichotomie végétal – animal, distingue encore fondamentalement les organismes procaryotes des organismes eucaryotes.

Les procaryotes sont unicellulaires, et leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau. Ils possèdent des enzymes localisées dans la paroi cellulaire et se multiplient par scissiparité. Ils constituent le premier règne.

Tous les autres organismes sont appelés des eucaryotes. Leur matériel génétique est enfermé dans un noyau; ils possèdent des organites cellulaires, la multiplication cellulaire a lieu par mitose et ils présentent souvent une reproduction de type sexuée.

Les eucaryotes peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires. Les eucaryotes unicellulaires sont appelés des protistes et constituent le second règne.

Enfin, les eucaryotes pluricellulaires sont divisés en 3 règnes, les champignons, les métaphytes (végétaux chlorophylliens) et les métazoaires (animaux pluricellulaires).

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La classification phylogénétique est un nouveau système de classification systématique des êtres vivants. Elle pourrait, à plus ou moins long terme, remplacer la classification traditionnelle basée sur des traits phénotypiques et des préférences nutritionnelles.
Initiée par Carl Woese en 1990 à partir de données génétiques, elle montre notamment que les procaryotes pouvaient être divisés en deux groupes trop différents pour pouvoir être identifiés comme un seul.
La première hiérarchie est donc composée de trois domaines :

» 1. archéobactéries

» 2. eubactéries

» 3. eucaryotes

Le domaine des eucaryotes est subdivisé en quatre règnes (reprenant le système de la classification linnéenne).

Les embranchements sont créés en comparant des séquences de petites sous-unités d'ARN. La classification reflète l'existence de cellules à noyau ou sans noyau, et des différences entre parois et membranes cellulaires.

La systématique phylogénétique dans sa version extrême rejette toute catégorisation stricte des niveaux hiérarchiques, à l'exception des concepts d'espèce, de genre, et ceci pour des raisons pratiques. L'arbre du vivant est un ensemble de points de débranchement, et on met autant de débranchements de l'on peut. Idéalement, et à terme, tous les débranchements devraient être binaires. (La reproduction sexuée n'exclut pas la possibilité d'un débranchement non décomposable en débranchements binaires, mais cela resterait une exception.). La systématique moderne prend en compte tous les caractères héritables, depuis ce qui est visible (base de la classification traditionnelle) jusqu'aux séquences d'ADN, y compris de l’ADN mitochondrial ou des séquences d’ARN, surtout ribosomal, en passant par les protéines et les données de la paléontologie.

Un exemple de classification - filiation phylogénétique peut être donnée pour l’espèce humaine :

» espèce : sapiens, (erectus, neanderthalis, mens exclusarius…)

» genre : Homo, (Australopithecus).

» famille : Hominidés : Gorille, Chimpanzés, Hommes.

» Hominoïdes : les précédents plus les Gibbons et l'Orang-outang.

» Catarrhiniens : tous les singes de l'ancien monde.

» Simiiformes : tous les singes.

» Haplorrhiniens : les précédents plus certains lémuriens.

» Primates : la plus grande partie de l'ancien ordre des primates et les Toupayes.

» Archontes : les précédents plus les Chiroptères (chauve-souris) et les Dermoptères.

» Preptothériens : les précédents plus la plupart des mammifères placentaires.

» Euthériens : les précédents plus les Pangolins et Fourmiliers.

» Xénarthres pour compléter les mammifères placentaires.

» Thériens : les précédents plus les marsupiaux.

» Mammifères : l'ancienne classe du même nom, les précédents plus les monotrèmes (Ornithorynques et Échidnés).

» Amniotes : les précédents plus les Sauropsidés ("Reptiles" et Oiseaux).

» Tétrapodes : les précédents plus la plupart des Amphibiens.

» Sarcoptérygiens : les précédents plus les Dipneustes et les Cœlacanthes.

» Ostéichthyens : les précédents plus les Actinoptérygiens (la majeure partie des "poissons osseux").

» Vertébrés : les précédents plus les Requins et les Lamproies.

» Crâniates : les précédents plus les Myxines.

» Chordés : les précédents plus l’Amphioxus et les Ascidies.

» Deutérostomiens : les précédents plus les Échinodermes.

» Bilatériens : ce sont tous les animaux présentant une symétrie bilatérale : les précédents plus différents groupes de Vers, les Arthropodes et les Mollusques.

» Eumétazoaires : ce sont tous les animaux présentant une organisation interne : les précédents plus les Cnidaires.

» Métazoaires : correspondent à l'ancien règne animal : les précédents plus différents groupes d'Éponges.

» Opistochontes : les précédents plus les Champignons.

» Eucaryotes : ce sont tous les êtres vivants dont les cellules possèdent un noyau ; les précédents plus les algues vertes, les algues rouges, les cryptogames, les plantes à fleurs, les algues brunes et divers « protistes